โรงเรียนบ้านควนเงิน สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติเดิมชื่อ “โรงเรียนวัดควนเงิน” เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ ๑๕ ตุลาคม พ.ศ. ๒๔๘๐ ในระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ใช้อาคารเรียนแบบชั่วคราวขนาด ๑๐ x ๑๗ เมตร โดยมีพระปลัดคลิ้ง ธัมมโชโต เจ้าอาวาสวัดควนเงินเป็นแกนนำในการก่อสร้าง

โดยได้รับความร่วมมือจากราษฎรในหมู่บ้านช่วยกันสร้างขึ้นในพื้นที่วัดควนเงิน มีนักเรียนทั้งหมด 70 คน มีนายเซ่งฉาย แซ่หลีเป็นครูใหญ่คนแรก ปี พ.ศ. ๒๕๑๔ คณะครู กรรมการศึกษาและผู้ปกครองเห็นว่าโรงเรียนซึ่งตั้งอยู่ภายในวัดไม่เหมาะสมหลายประการ เช่นสถานที่คับแคบมีพื้นที่จำกัด จึงมีมติให้ย้ายสถานที่โรงเรียนไปสร้างในสถานที่ใหม่ คือที่บ้านหูดาน ซึ่งสถานที่สงวนของหมู่บ้าน มีเนื้อที่ ๒๑ ไร่ ๑ งาน ๗๔ ตารางวา

ในปีนี้เองได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารเรียน แบบ ป. ๑ ก จำนวน ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน เป็นเงิน ๑๕๕,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๑๔ ( ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๑๔ ) ได้เปลี่ยนชื่อจาก “ โรงเรียนวัดควนเงิน” เป็น “โรงเรียนบ้านควนเงิน” ปี พ.ศ. ๒๕๑๗ ได้รับอนุมัติจากทางราชการให้ขยายชั้นเรียนชั้นประถมปลาย คือ ป. ๕,๗,๗ ปี พ.ศ. ๒๕๑๘ ได้รับงบประมาณจากทางราชการให้สร้างอาคารเรียนแบบ ๐๑๗ จำนวน ๑ หลัง ๘ ห้องเรียน เป็นเงิน ๔๒๐,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๑๙ ได้รับงบประมาณจากทางราชการให้สร้างส้วมแบบ ๔๐๑ จำนวน ๑ หลัง ๓ ที่ เป็นเงิน ๑๒,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๒๐ ได้รับงบประมาณให้สร้างส้วมแบบ ๔๐๑ อีก จำนวน ๑

หลัง ๓ ที่ ปี พ.ศ. ๒๕๒๑ ได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนแบบ ป. ๑ ก จำนวน ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน เป็นเงิน ๒๔๐,๐๐๐ บาทและอาคารอเนกประสงค์ แบบ ๓๑๒ จำนวน ๑ หลัง เป็นเงิน ๗๐,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๒๖ ได้รับงบประมาณให้สร้างส้วมแบบ ๐๐๑ – ๒๐ อีก จำนวน ๑ หลัง ๔ ที่ เป็นเงิน ๓๕,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๒๗ โรงเรียนได้พัฒนาปรับปรุงการเรียนการสอน และงานอื่นทุกๆด้านจนได้รับคัดเลือกให้เป็นโรงเรียนดีเด่น - โรงเรียนดีเด่น ระดับอำเภอ - โรงเรียนดีเด่นระดับจังหวัด ปี พ.ศ. ๒๕๓๖ ได้รับงบประมาณจากทาง สส. จังหวัดนครศรีธรรมราช ให้สร้าง งบประปาโรงเรียน เป็นเงิน ๖๗,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๓๗ ได้รับงบประมาณให้สร้างสนามวอลเลย์บอล ๑ สนาม เป็นเงิน ๗๕,๐๐๐ บาท ปี พ.ศ. ๒๕๓๗ ได้รับงบประมาณให้สร้างอาคารเรียนแบบ สปช. ๑๐๕/๒๙ จำนวน ๑ หลัง ๔ ห้องเรียน เป็นเงิน ๑,๖๗๐,๐๐๐ บาท

ปี พ.ศ. ๒๕๓๙ โรงเรียนได้รับคัดเลือกเป็นโรงเรียนปฏิรูปการศึกษา จากสำนักงานการ ประถมศึกษาจังหวัดนครศรีธรรมราช และในปีนี้โรงเรียนได้รับอนุมัติ ให้เปิดทำการสอนในระดับชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น ตามโครงการขยายโอกาสทางการศึกษาขั้นพื้นฐาน ปัจจุบันโรงเรียนบ้านควนเงินจัดการศึกษาตั้งแต่ระดับ ก่อนประถมศึกษา (อนุบาล ๑,๒ ) ถึงมัธยมศึกษาตอนต้น ( ม. ๑,๒,๓ ) รวมทั้งหมดจำนวน ๑๑ ห้องเรียน เมื่อวันที่ ๘ ธันวาคม ๒๕๕๘ นายพัฒนพากย์ ชูช่วย ได้รับคำสั่งย้ายและแต่งตั้งให้มาดำรงตำแหน่ง ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านควนเงิน โดยยึดหลักการบริหาร เข้าใจ เข้าถึง พัฒนา และปณิธานการทำงานที่ว่า ทำให้ดู อยู่ให้เห็น สอนให้เป็น เป็นหลักและแนวทางในการบริหารจัดการคุณภาพ