โรงเรียนบ้านคลองหมากเดิมชื่อว่า โรงเรียนประชาบาลตำบลคลองขนาน(รัตนวิทยา) ตั้งอยู่หมู่ที่ ๓ตำบลคลองขนาน อำเภอเหนือคลอง(เมืองกระบี่) จังหวัดกระบี่ เปิดทำการสอนเมื่อ วันที่ ๒๙มิถุนายน ๒๔๘๒ในระดับชั้นเตรียมและชั้นประถมปีที่ ๑ในเนื้อที่ ๔ไร่

บริจาคโดย นายเดบ ตาวัน นายเปรม แก้วสมศรี(ประสิทธิพงศ์) กำนันในสมัยนั้น นายโสบ มาศชาย และ นางหนาบ คลองรั้ว ปัจจุบันได้ย้ายมาอยู่ ณ บริเวณสถานที่แห่งใหม่ เนื้อที่ ๑๕ไร่ ๒ ตารางวา ห่างจากสถานที่เก่าประมาณ ๒๐๐เมตร ซึ่งบริจาคโดย นายหว้าหยี คงเดิม นายเที่ยว ฮ่อบุตร และนายเอียด หวังสป เปิดสอนตั้งแต่ชั้นอนุบาล ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๓พื้นที่ตั้งโรงเรียนต่ำกว่าถนน ห่างจากที่ว่าการอำเภอเหนือคลอง ประมาณ ๑๒กิโลเมตร ห่างจากเขตพื้นที่การศึกษากระบี่ ประมาณ ๓๐กิโลเมตร