โรงเรียนวัดมงคลวรารามก่อตั้งเมื่อ วันที่ ๑๐ ธันวาคม ๒๔๕๖ โดยพระครูดำ เจ้าอาวาส วัดในยาง โดยใช้ศาลาการเปรียญเป็นสถานที่เรียน เดิมชื่อ “โรงเรียนบ้านสาคู (วัดในยาง) ”มีนายพงษ์ ประทีป ณ ถลาง เป็นครูใหญ่คนแรก

ในปี พ.ศ. ๒๕๐๐ ได้รับงบประมาณสร้างอาคารเรียน แบบ ป.๑ ซ ๓ ห้องเรียน เป็นหลังแรก และได้สร้างอาคารเรียน แบบ ป.๑ ก ๐๐๔ ตามลำดับ จัดการเรียนการสอนมาจนถึง ปี พ.ศ. ๒๕๓๘ พื้นที่เริ่มคับแคบ ไม่สามารถขยายเพื่อรองรับการเจริญเติบโต ของจำนวนประชากรได้

ทางโรงเรียนจึงขอใช้พื้นที่ของวัดมงคลวรารามจากเจ้าอาวาส พระครูวิเชียรปัญญาคุณ ประมาณ ๑๐ ไร่เศษ (ทางไปชายทะเลหาดในยาง) เพื่อย้ายที่ตั้งโรงเรียนใหม่และได้เริ่มก่อสร้างอาคารใหม่ แบบ ๐๑๕/๒๙ และได้นำนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ - ๖ ไปเรียนเมื่อ วันที่ ๓๑ สิงหาคม ๒๕๓๙

ในปีงบประมาณ ๒๕๔๒ ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน แบบ สปช. ๑๐๕/๒๙ และได้นำนักเรียนชั้นอนุบาล ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๓ ที่ยังเหลืออยู่ไปเรียน เมื่อวันที่ ๑๗ พฤษภาคม ๒๕๔๓ ปัจจุบัน (๒๕๕๖) โรงเรียนวัดมงคลวรารามจัดการเรียนการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖