โรงเรียนกระบุรีตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2494 ณ สถานที่ปัจจุบัน ( ดอนตาตุ่ม ) หมู่ที่ 2 ตำบลน้ำจืด อำเภอกระบุรี จังหวัดระนอง ครั้งแรกเปิดสอนระดับมัธยมศึกษาปีที่ 1–3 ตามแผนการศึกษาแห่งชาติ สังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ จนถึงปี พ.ศ. 2504

ได้มีการเปลี่ยนแปลงระบบการศึกษาจากชั้นมัธยมปีที่ 1-3 เป็นระบบ ป.5-7 ในสังกัดกรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ เมื่อถึงวันที่ 6 มีนาคม 2515 โรงเรียนกระบุรีได้โอนไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดระนอง ขยายการศึกษาภาคบังคับเป็น 7 ปี จนกระทั่งถึงวันที่ 1 เมษายน 2521 ส่วนการศึกษาองค์การบริหาร

ส่วนจังหวัดระนองได้ยุบโรงเรียนวัดจันทาราม ซึ่งเปิดสอนชั้น ป.1-ป.4 มารวมกับโรงเรียนกระบุรี และเปิดสอนชั้น ป.1-ป.7 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2522 เป็นต้นมา โรงเรียนได้เปิดสอนเพียง 6 ชั้นเรียน ในชั้น ป.1-ป.6 จนถึงวันที่ 1 ตุลาคม 2523 ได้ถูกโอนไปสังกัด สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2546 โ

รงเรียนเข้าสู่เขตพื้นที่การศึกษาระนอง สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ ตั้งแต่ปีการศึกษา 2559 เป็นต้นมา โรงเรียนกระบุรีได้เปิดสอนเพิ่มสำหรับนักเรียนชั้นอนุบาล 2 และอนุบาล 3 ปัจจุบันโรงเรียนกระบุรีได้เปิดสอนเป็น 8 ชั้นเรียน ในชั้น อ.2 - ป.6